Rafa, conheço duas maneiras que você pode abrir várias instâncias do MSN. Utilizando o "Messenger Plus" ou o "A-Patch". Vou te explicar pelo A-Patch por ser um programa simples e de fácil configuração. Faça o download do A-Patch do abaixo:
Messenger 2009: http://apatch.org/files/index.php?ACT=dl…
Messenger 2011: http://apatch.org/files/index.php?ACT=dl…
Feche o MSN, inclusive o ícone que aparece perto do relógio do Windows, abra o A-Patch, clique no botão seguindo a ordem: OK > Next . Marque as opções:

- Remove advertisement
- Disable Nudge Shake
- Accept more than 3 files (transfers) at a time
- Poligamy (Multi-MSN)
- Remove Advertisement
- Remove "See More Offerings" Menus

Clique no botão "Apply" depois "OK". Aguarde e clique em "Exit". Depois conecte seu MSN e abra quantas instâncias desejar.

msn plus 5.0, vai no baixeaki e procure por este.
alem de o plus fazer isso, faz varias outras coisas interessantes.
voce pode inclusive ter dois msn 2009
ou um 2009 e um 2011 no seu pc.
para isso vc precisa de outro sistema operacional.
vc pode ter dois sistemas operacionais no seu pc.
o virtual box faz isso.